A região começou a ser povoada por agricultores e pecuaristas vindos de Passagem Franca e do Ceará, no século XIX — a transformação do nome de “Lagoa dos Patos” para “São João dos Patos” se deu pela presença de duas lagoas distintas: uma com uma imagem de São João Batista e a outra, ocupada por patos.
Tornou-se distrito em 1838, foi elevada à vila em 1892, teve seu território anexado a Barão de Grajaú em abril de 1931, mas reconquistou autonomia em junho do mesmo ano — data celebrada como sua emancipação política.
Em 2 de março de 1938, foi elevada à cidade mediante decreto federal, marco formal de sua formação urbana.
Hoje é conhecida como “Capital dos Bordados do Maranhão” (desde 2020) e “Namorada do Sertão” (por coincidir com o Dia dos Namorados, em 12 de junho).
